Nguyên nhân của tình trạng trên là do nhận thức, ý thức trách nhiệm của các ngành, các cấp, doanh nghiệp và người dân còn hạn chế. Nhiều địa phương còn chạy theo lợi ích kinh tế trước mắt, xem nhẹ công tác bảo vệ môi trường; chưa phát huy hiệu quả vai trò, trách nhiệm và sự tham gia của các tổ chức xã hội, cộng đồng, người dân. Hệ thống pháp luật, quy chuẩn còn nhiều bất cập, thiếu khả thi; thiếu quy định, tiêu chí, công cụ để sàng lọc, lựa chọn dự án đầu tư, công nghệ sản xuất, xử lý môi trường, kiểm soát hoạt động xả thải của doanh nghiệp; năng lực quản lý nhà nước còn hạn chế; trang thiết bị kỹ thuật còn thiếu và yếu...

Để khắc phục những hạn chế, chủ động phòng ngừa, ngăn chặn và giảm thiểu ô nhiễm, tạo bước chuyển biến căn bản trong công tác bảo vệ môi trường, Thủ tướng Chính phủ chỉ thị:

1. Bảo vệ môi trường là yêu cầu xuyên suốt trong quá trình phát triển, là trách nhiệm của cả hệ thống chính trị, cộng đồng, doanh nghiệp và nhân dân. Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ và Chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quán triệt, thực hiện nghiêm Nghị quyết của Đảng và chính sách, pháp luật của Nhà nước về bảo vệ môi trường. Thu hút đầu tư phải bảo đảm các yêu cầu về bảo vệ môi trường; không cho phép đầu tư vào các loại hình sản xuất, sử dụng công nghệ sản xuất lạc hậu có nguy cơ cao gây ô nhiễm. Các địa phương khẩn trương ban hành và tổ chức thực hiện Nghị quyết chuyên đề, chương trình, kế hoạch hành động về bảo vệ môi trường.
2. Các Bộ, ngành, địa phương phối hợp đồng bộ, chặt chẽ trong thực hiện nhiệm vụ bảo vệ môi trường từ khâu xét duyệt, thẩm định đến triển khai thực hiện và vận hành dự án. Chủ đầu tư, cơ quan quyết định, phê duyệt đầu tư, thẩm định công nghệ sản xuất, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường phải chịu trách nhiệm về vấn đề môi trường của dự án. Chủ tịch UBND các cấp chịu trách nhiệm toàn diện về các vấn đề môi trường trên địa bàn. Bộ Tài nguyên và Môi trường kiểm tra, thanh tra, hướng dẫn, theo dõi, đôn đốc việc thực hiện pháp luật về bảo vệ môi trường của các Bộ, ngành, địa phương.
3. Tập trung hoàn thiện chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường:
Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với Bộ Tư pháp và các Bộ, ngành có liên quan tổng hợp, đề xuất sửa đổi các quy định về bảo vệ môi trường trong các luật về môi trường, tài nguyên, thuế, ngân sách, đầu tư, xây dựng, khoa học và công nghệ, năng lượng… bảo đảm thống nhất, đồng bộ, đáp ứng yêu cầu bảo vệ môi trường, hoàn thành trong năm 2017. Rà soát, trình Chính phủ sửa đổi, bổ sung các nghị định quy định chi tiết thi hành Luật Bảo vệ môi trường, khắc phục những bất cập hiện nay, nhất là các quy định về các công cụ, biện pháp quản lý nhà nước, biện pháp kỹ thuật kiểm soát, giám sát hoạt động xả thải của doanh nghiệp. Rà soát, điều chỉnh các quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường phù hợp với điều kiện trong nước và yêu cầu hội nhập quốc tế, kết hợp thải lượng chất ô nhiễm và sức chịu tải của môi trường, hoàn thành trong năm 2017. Chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Khoa học và Công nghệ xây dựng hệ thống tiêu chí về môi trường làm cơ sở lựa chọn, sàng lọc loại hình sản xuất và công nghệ sản xuất trong thu hút đầu tư, xem xét, phê duyệt các dự án đầu tư, hoàn thành trong năm 2017.
4. Tăng cường chấn chỉnh công tác thanh tra, kiểm tra xử lý vi phạm và phòng ngừa, kiểm soát ô nhiễm môi trường:
Bộ Tài nguyên và Môi trường tập trung thanh tra, kiểm tra các đối tượng có lưu lượng nước thải từ 200 m³/ngày đêm trở lên trên phạm vi cả nước; rà soát đánh giá tác động môi trường, công trình, biện pháp bảo vệ môi trường của các dự án lớn, nguy cơ cao gây ô nhiễm môi trường; rà soát, chấn chỉnh công tác thẩm định, phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường, hoàn thành trong năm 2017.
Hàng năm, Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với Thanh tra Chính phủ, các Bộ, địa phương xây dựng kế hoạch thanh tra môi trường, bảo đảm không chồng chéo, không gây ảnh hưởng đến hoạt động của doanh nghiệp.
Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện tổng điều tra, đánh giá, phân loại các nguồn thải trên phạm vi cả nước; xây dựng hệ thống cơ sở dữ liệu quốc gia về nguồn thải, hoàn thành trong năm 2018. Xây dựng hệ thống quan trắc, cảnh báo về môi trường tại các vùng kinh tế trọng điểm, các khu vực tập trung nhiều nguồn thải, khu vực nhạy cảm về môi trường trước năm 2020;
Bộ Khoa học và Công nghệ chủ trì, phối hợp với Bộ Xây dựng, các Bộ liên quan tăng cường công tác đánh giá tác động của công nghệ nhập khẩu đến môi trường; rà soát các dự án nhập khẩu dây chuyền, công nghệ xử lý rác thải; đề xuất công nghệ, thực hiện thí điểm xử lý chất thải rắn bằng công nghệ của Việt Nam, hoàn thành trong năm 2017…
5. Nâng cao năng lực quản lý nhà nước và huy động nguồn lực cho bảo vệ môi trường:
Bộ, ngành, địa phương rà soát, sắp xếp tổ chức bộ máy, tăng cường năng lực quản lý môi trường, ưu tiên cấp huyện, xã; sử dụng nguồn sự nghiệp môi trường để bố trí cán bộ hợp đồng phụ trách công tác bảo vệ môi trường cấp xã; tăng cường đầu tư hiện đại hóa trang thiết bị kỹ thuật phục vụ công tác quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường….
6. Các Bộ, ngành, địa phương tăng cường tuyên truyền, vận động nhân dân tham gia bảo vệ môi trường, phân loại rác tại nguồn và thu gom rác thải; tạo điều kiện thuận lợi để Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức thành viên phối hợp, phản biện, giám sát hoạt động bảo vệ môi trường; chủ động cung cấp thông tin, phát huy vai trò của báo chí trong công tác bảo vệ môi trường.