Do hoạt động vận chuyển động vật, sản phẩm động vật diễn ra không chỉ trong nội địa mà còn hoạt động thương mại biên giới qua cửa khẩu, các vùng biên giới trên địa bàn tỉnh chưa được kiểm soát chặt chẽ nên dịch bệnh ở vật nuôi đã diễn ra tại nhiều địa phương trong tỉnh, trong đó năm 2013 dịch bệnh tai xanh đã xảy ra trên địa bàn 02 địa phương (gồm: huyện Hòa An và Thành phố Cao Bằng) với 22 xã, phường có lợn mắc bệnh, trong đó làm ốm 914 con và gây chết 506 con; Dịch lở mồm long móng trên trâu bò đã bùng phát tại 05 huyện (gồm các huyện: Trà Lĩnh, Thông Nông, Trùng Khánh, Phục Hòa, Hà Quảng); Dịch bệnh Lép tô (bệnh lợn nghệ) xảy ra ở hầu hết các huyện làm ốm 3.087con, chết 1.742 con;...

Để chủ động quản lý và hạn chế thấp nhất những thiệt hại do dịch bệnh gây ra, ngăn chặn kịp thời những loại bệnh lạ phát sinh, tỉnh đã đẩy mạnh thực hiện biện pháp tuyên truyền, biện pháp hành chính để người dân biết hợp tác với cơ quan chuyên môn và chính quyền trong việc ngăn chặn dịch bệnh. Đồng thời thực hiện tốt biện pháp kỹ thuật, gồm: tiêm phòng định kỳ và bổ sung cho đàn gia súc theo hướng dẫn của cơ quan chuyên môn; giám sát dịch bệnh thường xuyên trên đàn gia súc từ cơ sở, phát hiện sớm và xử lý ngay khi bệnh mới xuất hiện trên diện hẹp; tăng cường công tác kiểm dịch vận chuyển động vật, sản phẩm động vật lưu thông trên địa bàn.

Bên cạnh đó, tỉnh cũng đã chú trọng đến việc cung cấp vật tư tại chỗ, đó chính là xây dựng các điểm thú y tại các xã nhất là các xã vùng sâu, vùng xa của tỉnh để cung cấp vật tư thú y tại chỗ phục vụ cho việc điều trị dịch bệnh ở vật nuôi của nhân dân.

Từ năm 2000 đến nay, được sự tài trợ của nước ngoài thông qua các dự án PSARD, IFAD, toàn tỉnh đã có 108 xã thuộc 11/13 huyện (trừ huyện Hòa An và Thành phố Cao Bằng) được xây dựng điểm dịch vụ thú y, riêng huyện Phục Hòa có 04 điểm; hầu hết các điểm dịch vụ thú y đều được xây dựng ở vùng sâu, vùng xa, hiện tại có 89/108 điểm dịch vụ thú y đang hoạt động, đáp ứng được cơ bản nhu cầu phòng và trị bệnh cho gia súc của nhân dân.

Tuy nhiên, hoạt động của các điểm dịch vụ thú y còn hạn chế, chưa sâu rộng so với mục tiêu đề ra. Nguyên nhân là do sự quan tâm của chính quyền địa phương chưa thật sự sâu sát, công tác tuyên truyền, phổ biến cho người dân về hoạt động của điểm dịch vụ thú y còn hạn chế, nên một số người dân không biết điểm dịch vụ thú y đã được xây dựng tại địa bàn để liên hệ.
Trong thời gian tới, các địa phương cần nhanh chóng khắc phục hạn chế trên, nâng cao hiệu quả hoạt động của các điểm dịch vụ thú y, góp phần hạn chế dịch bệnh trên vật nuôi, góp phần thúc đẩy xây dựng nông thôn mới.