Sau năm 1960, một số giống thuốc lá được trồng phổ biến ở Cao Bằng như: CB1, CB2, CB3 các giống này được các chuyên gia Trung Quốc đưa vào trồng, cây có khả năng chống chịu sâu bệnh thấp, thường ra hoa sớm, số lá kinh tế chỉ đạt (13-14) lá/cây nên năng suất thấp, chỉ khoảng (6-7) tạ, tỷ lệ cấp (1+2) chỉ đạt (5-10)% sản lượng. Mật độ trồng quá dày chủ yếu trồng hàng đôi, việc bón phân cho lá chủ yếu là phân chuồng, phân tươi chỉ tăng năng suất mà chưa chú ý đến nâng cao chất lượng, việc phòng trừ sâu bệnh hại thuốc lá chưa tiến hành triệt để, chưa biết cách thu hái và bảo quản thuốc lá chủ yếu theo phương pháp thủ công, thời gian bảo quản ngắn. Vì vậy thuốc lá dễ bị mất màu do ảnh hưởng của nhiệt độ không khí bên ngoài tác động vào.
Từ năm 1994 đến nay, được sự quan tâm của Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam và các Bộ ngành, Viện Kinh tế Kỹ thuật thuốc lá đã triển khai thực hiện tại Cao Bằng trong suốt 20 năm qua với tổng số 85 đề tài, dự án (với kinh phí trên 32 tỷ đồng), 27 đề tài, dự án cấp Bộ và cấp Nhà nước (kinh phí trên 13 tỷ đồng) để tập trung nghiên cứu các vẫn đề: Giống; kỹ thuật canh tác; hái sấy và phân cấp nguyên liệu thuốc lá, cũng như đưa các tiến bộ kỹ thuật vào thực tế sản xuất nguyên liệu thuốc lá tại tỉnh Cao Bằng. Viện thuốc lá đã nhanh chóng thay thế bộ giống cũ đưa 2 giống C.176, K.326 trồng thử nghiệm. Kết quả thử nghiệm 2 giống thuốc lá này đã cho năng suất cao hơn các giống cũ (50-70)%. Đặc biệt giống C.176 kháng được bệnh khảm lá. Từ năm 2000 với sự nỗ lực của tập thể cán bộ nghiên cứu, Viện đã nghiên cứu lai tạo thành công một số giống thuốc lá khác như: C7-1, C9-1, VTL1H, VTL5H,... Các giống này do Viện lai tạo đã cho năng suất nổi trội, trong điều kiến sản xuất đại trà đã đạt được từ (20-22) tạ/ha, đặc biệt một số hộ thâm canh tốt năng suất đạt trên 25 tạ/ha, tỷ lệ là cấp (1+2) đạt trên 50% sản lượng. Một số giống có khả năng kháng bệnh tuyệt đối với bệnh TMV (là bệnh gây tổn thất lớn về năng suất cũng như chất lượng thuốc lá nguyên liệu) điển hình như giống lai: GL2 và GL7.
Hàng năm thông qua Chi nhánh của Viện tại Cao Bằng và các đối tác cùng tham gia liên kết đầu tư và thu mua tại Cao Bằng: Công ty Đồng Tâm, Công ty Đại Thành, Công ty Giang Thịnh, Công ty Cổ phần thuốc lá Cao Bằng,… đã cung cấp cho bà con nông dân trồng thuốc lá tại Cao Bằng từ ( 60 – 65)kg hạt giống mới: C7-1; C9-1, VTL1H,….tương ứng với diện tích trên 3.000 ha ruộng trồng. Bên cạnh cung ứng hạt giống mới Viện tiến hành tập huấn các quy trình kỹ thuật sử dụng giống mới cho các hộ trồng thuốc lá, các phương pháp sản xuất cây con khỏe mạnh bằng biện pháp dâm cây con như làm bầu và khay lỗ, mật độ trồng, kỹ thuật hái thuốc lá, kỹ thuật sấy, phân cấp nguyên liệu thuốc lá thuận tiện cho việc mua bán và trao đổi sản phẩm, thuận lợi cho công tác phối chế của các nhà máy sản xuất thuốc lá điếu và phục vụ xuất khẩu nguyên liệu (đến năm 2013 đã bán nguyên liệu cho Công ty liên doanh BAT – Vinataba gần 1.000 tấn/năm). Bên cạnh đó, Viện hướng dẫn cho bà con phương pháp ngắt ngọn, bẻ chồi đã chỉ cho người dân thấy rõ tăng năng suất chất lượng còn làm tăng hàm lượng Nicotin. Do vậy diện tích được ngắt ngọn, bẻ trồi đã được tăng lên đáng kể trên 80%. Hàng năm Viện đã cung ứng hàng nghìn lọ thuốc diệt chồi Acotab cho vùng nguyên liệu thuốc lá Cao Bằng.
Từ năm 2000 Viện đã thực hiện đề tài thường xuyên theo dõi diễn biến sâu bệnh hại đã xác định được các nguy cơ gây hại cây thuốc lá và khuyến cáo kịp thời các biện pháp phòng trừ; thường xuyên tập huấn và in tờ rơi cho bà con nông dân nhận dạng đúng sâu bệnh hại thuốc lá và các biện pháp phòng trừ kịp thời (đúng thời điểm, đúng thuốc và đúng cách) để giảm thiểu thiệt hại và không gây ô nhiễm môi trường. Coi trọng biện pháp phòng trừ tổng hợp (IPM).
Từ năm 2010 đến nay, Viện cam kết tiếp tục duy trì đầu tư lâu dài tại các vùng nguyên liệu thuốc lá do Viện trực tiếp đầu tư quản lý để áp dụng các tiến bộ kỹ thuật vào sản xuất, đã tạo vùng thuốc lá nguyên liệu chất lượng cao tại Cao Bằng không ngừng phát triển, từ lúc diện tích chỉ đạt từ 30 ha/năm (năm 1993), đến nay, thuốc lá giống mới do Viện chọn tạo và cung cấp đã được trồng toàn bộ vùng nguyên liệu trên diện tích lên tới 3.500 - 4.000 ha/năm, với sản lượng hàng năm từ 7.000 - 8.000 tấn/năm.
Với việc phát triển vùng nguyên liệu thuốc lá ở 2 huyện Hòa An, Hà Quảng và 9 huyện khác tại tỉnh Cao Bằng, với doanh thu từ trồng cây thuốc lá từ 350 - 400 tỷ đồng/năm. Đồng thời, xây dựng các trạm thu mua để tạo điều kiện thuận lợi cho nông dân trong bao tiêu sản phẩm. Bên cạnh mục tiêu sản xuất, kinh doanh, Viện còn chú trọng tới thực hiện các chương trình xóa đói giảm nghèo, phát triển cơ sở hạ tầng nông thôn, hỗ trợ hoạt động xã hội với tổng kinh phí trên 17 tỷ đồng, từ đó đã nâng cao thu nhập cho người dân, góp phần xóa đói giảm nghèo và làm giầu từ cây thuốc lá.